역사에 따르면 공룡의 멸망은 운석의 충돌과 같은 거대한 힘에 의한 것이었다고 한다. 하지만 이는 반 정도의 사실일 뿐 실제 공룡의 멸망은 악당 스코에 의한 것이었다. 스코는 자신의 돌연변이 군대와 함께 자신의 종복계획을 거의 이루는 듯 햇지만 빙하기의 도래로 계획에 차질이 생길 것임을 알고 돌연변이 군대를 빙하기 동안 보석 캡슐에 봉인한다. 언젠가 빙하가 사라지면 돌아와 자신의 군대를 부활시키고 자신의 계획을 실현하리라 맹세하며 시간이 지나 그들이 다시 깨어나려 하고 그들을 멈추기 위해 쿵푸 공룡수호대가 나선다